Na malo ulja propržite crni luk dok ne postane staklast, zatim dodajte bijeli luk. Ubacite mljeveno meso i pržite dok ne promijeni boju. Dodajte pelat ili paradajz sos, začinite solju, biberom i cimetom, pa kuvajte dok višak tečnosti ne ispari i fil se ne zgusne.
U šerpi otopite puter, dodajte brašno i kratko ga propržite. Postepeno sipajte mlijeko uz stalno miješanje kako biste dobili gladak sos. Kuvajte dok se ne zgusne, zatim sklonite sa vatre i umiješajte žumanca, muškatni oraščić i malo soli.
U podmazanu tepsiju poređajte red krompira, zatim red patlidžana, pa rasporedite fil od mesa. Po potrebi ponovite slojeve. Na kraju ravnomjerno prelijte bešamel sos preko cijele musake.
Pecite u unaprijed zagrijanoj rerni na 180 °C oko 45 minuta, odnosno dok bešamel ne dobije zlatnosmeđu koricu.
Grčku musaku ostavite da odstoji 10–15 minuta nakon pečenja kako bi se slojevi lijepo stegli i lakše sjekli. Poslužite je toplu uz grčku salatu, zelenu salatu ili čašu hladnog jogurta. Po želji, preko bešamela prije pečenja pospite malo rendanog tvrdog sira, poput parmezana ili kefalotirija, za još bogatiji ukus.
